Używany motyw można ustawić w pliku ~/.config/gtk-3.0/settings.ini w katalogu domowym użytkownika. Przykładowo dla domyślnego motywu GNOME 3 (znajdującego się w pakiecie gnome-themes-standard [1]) wystarczy taka zawartość:
[Settings]
gtk-theme-name = Adwaita
Wybrany motyw powinien znajdować się w katalogu /usr/share/themes (tam instalowane są motywy dostępne w repozytorium) lub w katalogu ~/.themes utworzonym w katalogu domowym danego użytkownika.
Dodatkowo można też ustawić inne opcje jak zestaw ikon, czcionka itp., np.:
[Settings]
gtk-theme-name = Zukitwo-Dark
gtk-icon-theme-name = black-white_2-Gloss
gtk-font-name = Verdana 10
gtk-toolbar-style = GTK_TOOLBAR_BOTH_HORIZ
Innym sposobem zmiany samego motywu jest podlinkowanie go jako ~/.config/gtk-3.0, np.:
ln -s /usr/share/themes/Adwaita/gtk-3.0 ~/.config/gtk-3.0
lub:
ln -s ~/.themes/Zukitwo-Dark/gtk-3.0 ~/.config/gtk-3.0
Zmiany należy wprowadzać z poziomu zwykłego użytkownika.